福王朱由崧闻言，稍一愣怔，即道：“快快有请！”说完，又觉不妥，冲卢九德挥了挥手，一齐迎了出来。
马士英及高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清等见了，心下惶恐，忙过来行跪礼。
朱由崧亲自过来，一一扶起，道：“有劳各位，各位辛苦了，朱由崧他日必不相负。”
五个再次跪倒行礼谢恩，毕，马士英以“国不可一日无君”为由，催朱由崧启程。
朱由崧假意推脱三番，马士英等再三催促相请，这才上了路。
事实竟全如卢九德所料，史可法果然选择了妥协，却又以“太子及二王生死不明”为由拖延，终没能拗过张慎言等大臣、诚意伯刘孔昭等勋贵及手握兵权的武将，同意由朱由崧监国。
因为把清兵入京看成是帮助明朝复仇的友好举动，朝臣们均主张“联虏平寇”， 希望能够借重满清的力量，首先剿灭流寇李自成势力，再谋求后续打算。
策略既定，接下来便是推选阁臣，史可法、高弘图、姜曰广三个毫无异议地入选了，刘孔昭自荐，被朝臣们以勋臣没有入阁的先例为由阻止。
刘孔昭愤愤然，又举荐马士英和阮大铖，阮大铖被史可法以先帝崇祯亲自定他为违逆案犯为由所否决，只有马士英在讨论填补空缺时，跟郑三俊、刘宗周、徐石麒一起入选。
朱由崧按照卢九德的建议，除了给江北四镇和左良玉封侯之外，只冷眼旁观，一概不表态。
待朝臣们争执了多日，总算确定了内阁人选，朱由崧只管依据朝臣们所议定的予以任命，史可法兼任礼部尚书，仍然掌管兵部，马士英仍然督军镇守凤阳。
马士英一心要做内阁首辅，不想竟是这样的结局，大怒，竟带兵入见朱由崧，把史可法当初提出不立朱由崧的七大理由进呈给了朱由崧。
朱由崧早就知道，不过在装糊涂，不想马士英恼羞成怒居然把这事儿给挑明了，免不了左右为难。
亏得史可法唯恐引起内讧，又选择了妥协，自请统率军队，外出镇守淮安、扬州两地，争论才终于告一段落。
时间已到了五月十五日，朱由崧即皇帝位于武英殿，以次年为弘光元年，封前来辞别的史可法为太子太保，改任兵部尚书、武英殿大学士。
对于朱由崧的表现，史可法显然无法满意，动身后，即派遣使臣寻访已故帝、后的灵柩以及太子、二王的下落，并前往祭告凤、泗二陵。
马士英大权得握，迫不及待地把江北划分为四镇，东平伯刘泽清管辖淮、海等地，驻军泗水，经理开、归一路；总兵官刘良佐统辖凤、寿等地，驻扎在临淮，经理陈、杞一路；靖南伯黄得功统辖滁、和等地，驻军庐州，经理光州、固始一路。
随后，马士英再次提出启用阮大铖，又遭到了东林党人和礼部尚书张慎言的坚决反对。
为了绕开争执，安宗朱由崧只得提出选派跟大清通好的使臣的问题。
谁曾想，满朝文武竟没人敢往。赶巧应天、安庆等处巡抚左懋第到南京进谒，毅然要求持节北行，阻止清兵南下。
朱由崧大喜，命陈洪范、马绍榆为副使，随同其一同北上，并亲送其出京门。
回至武英殿，朱由崧摇了摇头，暗叹道：“唉，即位这么多日子了，朕总算按自己的意愿办好了一件事。”
正感叹，蓦听得刘孔昭高声道：“雪耻除凶，防江防河，举朝臣子全副精神宜注于此。张慎言竖子，今日讲推官，明日讲升官，排忽武将，专造文官，结党营私。所荐吴甡，真奸臣也。”
张慎言义正词严道：“皇上国政二十五条明确规定，对‘附贼从逆’官员‘暂开一面’，同时对于能够‘返邪归正者宽其前罪’，对于‘能杀贼自效者以军功论’，礼部荐吴甡何错之有？”
高弘图附和道：“吏部用人自有本末，此事何必在大殿上吵闹？”
刘孔昭事先已联络了灵壁侯汤国祚、忻城伯张之龙等勋贵，有恃无恐，被张慎言用话驳回，又遭高弘图责备，恼羞成怒，取出一把刀子，竟上前要杀张慎言。
司礼太监韩赞周实在看不过，喝止道：“还不快停下来，从古无此朝规！”
刘孔昭不好再闹，却是高昂着头，一脸的不服。
朱由崧心下亦是不满，念及其拥立之功，觉得不好公开怪罪他，只白了他一眼，道：“新政初立，事务千头万绪，各位爱卿须得精诚团结，尽心国事，以期有所成就。”
“他这是什么意思？居然连一句责备都没有！”暗想着，高弘图大失所望，上前一步，道：“启禀皇上，凡政事，只要我们说可以，勋臣必说不可以，我们很难做事的，请皇上允许臣辞官返乡。”
张慎言、姜曰广、高弘图、刘宗周等纷纷跟着附和。
朱由崧这才急起来，忙命散了朝，先派鸿胪寺的官员前往这些人的家里传谕挽留，唯恐无效，又亲自召见，承诺尽快解决。
说是尽快解决，朱由崧却是束手无策。
马士英却抓住机会，起用阮大铖为兵部右侍郎，不久晋为兵部尚书。
阮大铖据《留都防乱公揭》对东林、复社诸人立意报复，大兴党狱。
东林党人无奈，利用侯恂对左良玉有恩这一点儿，暗中联合左良玉，希望左良玉率兵东下“清君侧”。
因为马士英调整江北四镇，黄得功、刘泽清、高杰争着想要驻军扬州。高杰率兵先到扬州边界，一路大肆烧杀掳掠，所经之地尸横遍野。城中开始惧怕，登上女墙守备，高杰攻打了两个月。
刘泽清也在淮上大肆掠夺。临淮不接纳刘良佐的军队，也遭到攻击。
史可法无奈，只得依照朱由崧的命令前往劝解，黄得功得功、刘良佐、刘泽清均肯依令而行，转而去找高杰。
高杰当年因与李自成的仇恨不敢跟其他人那样投降，一路逃到了南面，靠着拥有一支能打仗的队伍，迅速壮大起来，所部不下十万众。
不过，高杰一向惧怕史可法，听说他要来，连夜掘出近百个土坑埋葬了地面上的尸骸。纵使如此，毕竟心里有愧，次日早上来到军营中拜见史可法，仍忍不住汗流浃背。
史可法不想仅有的兵力再被无端地消耗掉，不仅坦诚地接待他，跟他的偏将讲话也用温和的语气，又报经朱由崧批准，让他带兵驻守在瓜洲。
高杰喜出望外，却从此以后开始轻视史可法，为防意外，用自己的优势兵力防护左右，文檄也一定自己过目后才肯传递。
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